Собор является главным храмом Екатеринодарской и Кубанской епархии. Свято-Екатерининский кафедральный Собор - один из самых больших храмов России, памятник архитектуры нашего города. Это центр духовной жизни Кубани.
Решение о постройке Собора было принято общественностью Екатеринодара 17 октября 1889 – через год после страшной катастрофы царского поезда, при которой члены августейшей семьи чудом остались живы. Незадолго до происшествия император Александр III с супругой и сыновьями посетили Екатеринодар. В честь избавления царской семьи от гибели и было решено построить в Екатеринодаре величественный собор с семью престолами.
Строительство самого большого в области собора шло 14 лет. Над проектом работал местный талантливый архитектор Иван Клементьевич Мальгерб. Храм был заложен 23 апреля 1900 г. на Екатерининской площади, где к тому времени располагалась уже обветшавшая деревянная церковь св. Екатерины 1814 года рождения. 24 марта 1914 г. года состоялось торжественное освящение главного престола.
Трудные годы в жизни прихода наступили после Октябрьской революции Собор пережил «обновленчество», в 1922 под видом помощи голодающим Поволжья был совершенно разграблен. Чудом избежал храм участи Собора Александра Невского. Кафедральный собор готовили к взрыву, якобы ради кирпичей. Спасителем собора оказался его создатель. Архитектору Мальгербу удалось убедить комиссию по разрушению храмов в нецелесообразности его уничтожения. 26 июня 1934 г. Епархиальное управление заявило, что община вследствие своей малочисленности распалась. Собор превратили в склад.
Возобновление богослужений произошло только после освобождения Краснодара от немецко-фашистских захватчиков в 1944 г. К празднованию1000-летия Крещения Руси в Екатерининском соборе были проведены реставрационные работы.
В 2014 Собор готовится отметить свой 100-летний юбилей.